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［googleAnalyticsR］再発事象のカプラン・マイヤープロット
survrec っていうパッケージもあるらしいけど慣れてないので survival を使います。どのチャネルが再来訪しやすいのか、何日くらいの間隔で何パーセントくらい戻ってくるのかがわかります。library(googleAnalyticsR)library(tidyverse)library(survival)library(ggfortify)##### ga_auth()...
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スパークライン風のカプランマイヤープロット
層分けが多くなると凡例と見比べるのが大変なのでなんとかしたいと思った。普通にプロットする。はい。スパークライン風にプロットするとこんな感じかなあ。累積イベント発生率が25%に達する点、50%に達する点、75%に達する点に赤っぽい丸、最後のイベント発生に黒い丸をうっている。また背景のグレーの帯は25%〜75%の範囲を示している。以下 R の...
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Rによる打ち切りデータの箱ひげ図
右打ち切りのあるデータを視覚化するのにはカプラン・マイヤープロットが便利です。しかし層の数が多くなると判例と見比べるのが大変になる。そこである程度情報を落としてプロットしてもいいかなと思い、打ち切りデータの箱ひげ図を提案にします。make_q_df.R ·...
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Rによる打ち切りデータのヒストグラム (ggplot2)
生存関数のプロットは便利だけど密度関数のプロットと比べると分布の形状を把握しにくい。そこで打ち切りデータのヒストグラムというのが提案されている（Huzurbazar, A. V. (2005). A Censored Data Histogram. Communications in Statistics - Simulation and Computation, 34 : pp. 113-120....
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［R+Google アナリティクス］リセンシーどこで切るチャート
アクセス解析の分野ではユーザーの離脱率や維持率を把握したいというニーズがあります。しかし、離脱するユーザーは単にサイトへの訪問を止めるだけで、わざわざ離脱を申告することはめったにありません。このような場合、例えば...
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色付き棒グラフ行列（ggplot2）
『StanとRでベイズ統計モデリング』12章のデータを使いますStanとRでベイズ統計モデリング (Wonderful R)作者:松浦健太郎,石田基広出版社/メーカー:共立出版発売日: 2016/10/25メディア:単行本この商品を含むブログ (9件) を見るGitHub - MatsuuraKentaro/RStanBook:...
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色付きミニ棒グラフ（searchConsoleR）
色付き棒グラフ行列（ggplot2） - 廿TTで書いた theme_spark でもうちょっとあそんでみる。theme_spark <-function(base_size =11, base_family =""){ theme_grey(base_size = base_size, base_family = base_family)%+replace%...
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精神疾患の軽症化
精神疾患の軽症化が進んでいる。統合失調症の新規発症が激減し、入院を要するレベルの気分障害がほとんどいなくなり、病棟経営の支えである慢性の統合失調症患者は急速に高齢化が進んでいる。地域移行を進めるまでもなく精神科病床数は今後10年で確実に激減する。— 斎藤環 (@pentaxxx) November 14,...
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［googleAnalyticsR］調整済みオッズ比の四半期比較プロット
とりあえず図とコードだけ貼ります。縦の棒はオッズ比の95%信頼区間です。library(googleAnalyticsR)library(tidyverse)library(lubridate)##### ga_auth() account_list <- ga_account_list() ga_id <- account_list$viewId[3] gadata <-...
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Rcpp: カーネル密度推定のバンド幅を一個抜き交差検証法で決める
バンド幅 h をいろいろ変えて一個抜き交差検証法で評価した対数尤度が結構なめらかな形になったのでブレント法で最適なバンド幅を選んでみた。対象としたデータはこれ。h をいろいろ変えて一個抜き交差検証法で評価した対数尤度のプロットはこちら。選ばれた最適なバンド幅で推定した密度関数がこんな感じ。Rcpp のコード：#include <Rcpp.h>usingnamespace Rcpp; //...
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目で見る尤度関数（『ベイズ統計の理論と方法』より）
『ベイズ統計の理論と方法』1.4節の例を R でやってみます。ベイズ統計の理論と方法作者:渡辺澄夫出版社/メーカー:コロナ社発売日: 2012/03/01メディア:単行本購入: 1人 クリック: 4回この商品を含むブログ (8件) を見る尤度関数が正規分布で近似できるとき、いろいろ良い性質がなりたちます。関数 を標準正規分布の密度関数とし、確率モデル (ただし )...
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TikzのBayesNetライブラリでプレート表現を書いてみる
プレート表現については、たしか『実践 ベイズモデリング』などに解説がある。実践 ベイズモデリング -解析技法と認知モデル-作者:豊田秀樹出版社/メーカー:朝倉書店発売日: 2017/01/25メディア:単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (2件) を見るプレート表現に慣れたいので、TikzのBayesNetライブラリ（GitHub - jluttine/tikz-bayesnet: TikZ...
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ggplot2 でミニ棒グラフ行列を描画する geom_barmatrix を書きました
library(tidyverse) geom_barmatrix <-function(mapping =NULL, data =NULL, stat ="identity",position ="identity", ..., width =NULL, binwidth =NULL, na.rm =FALSE, show.legend =NA, inherit.aes =TRUE){...
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ggplot2 のためのいくつかの関数をパッケージ化しました
まだ説明とかぜんぜん書いてない。GitHub - abikoushi/ggsomestat: Some stat in ggplot2インストールはdevtools::install_github("abikoushi/ggsomestat")で、たぶんいけます。練習用にsearchConsoleというsearchConsoleからとってきたデータが入ってます。stat_ma は移動平均を描画する...
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打ち切りデータを扱うために前に書いた R の関数群をパッケージ化しました
R の自分用の関数がごちゃごちゃしてきたのでパッケージ化して整理しようとしているのです。tidysurv とかいう恐れ多い名前をつけてしまった……。GitHub - abikoushi/tidysurv: R package for censored data handlingまだ作りかけです。dplyr、ggplot2 と survival...
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ggplot2とpatchworkでヒートマップの周辺度数をプロット
パッチワークパッケージ（GitHub - thomasp85/patchwork: The Composer of ggplots）は便利ですね。library(tidyverse)library(patchwork) data("author",package ="ca") author_t <- as_data_frame(author)%>%...
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ggplot2 で内訳を左から右に詳細化していく棒グラフ (2)
以前にこんなのを書いたんだが、ggplot2 で内訳を左から右に詳細化していく棒グラフ - 廿TT新しいgeomを作るまでもないことに気がついた。library(tidyverse) make_drilldown <-function(data,dimensions,metrics){ len <- length(dimensions) out...
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ggplot2で検索クエリのワードクラウド
ただパッケージ動かしてみたってだけなんですけど。はい。ぼくは原則的にはワードクラウドを使う必要ない（棒グラフのほうが優れている）と思っているんですけど、最近軟弱になってきてる。library(searchConsoleR)library(ggwordcloud) scr_auth() sc_websites <- list_websites() scdata <-...
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殺人事件の最近の傾向（平成19年から28年）
「殺人事件が年々増えているというのはメディアが作った嘘で実際は減少している」みたいな言説を最近よく聞く気がします。ぼくはテレビ見ないし新聞も読まないので（見たほうがいいのはわかってるけど）メディアがどういう報道をしてるのかは知らない。そこで、警察庁Webサイト（http://www.npa.go.jp/toukei/seianki/h28zuhyousakuin.htm）より最近の殺人事件の被害者数...
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［ggplot2］ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット
こんな感じです。ggplot(data = iris)+ geom_grid(aes(y = Sepal.Length, x=Species),binwidth =0.1)思い通りに動かないことも多いけど公開します。皆様の暖かいアドバイスをお待ちしております。coord_flip に対応したい四角が大きいとき隣の四角とかぶってしまうのをなんとかしたいbins...
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［ggplot2］ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット（2）
［ggplot2］ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット - 廿TTをちょっと修正しました。こんな感じです。source("https://gist.githubusercontent.com/abikoushi/d7e443774155de3934b754cf1a66625a/raw/74d451393ec9e1a6537122d2c39d5ee2d7559965/geom_grid.R")...
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［ggplot2］ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット（3）
追記：パッケージ化したのでこちらを参照してください→ggplot2でヒストグラムを箱ひげ図風に並べてプロットするパッケージggbrickを書いた - 廿TT進捗です。［ggplot2］ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット - 廿TT［ggplot2］ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット（2） -...
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ggplot2でヒストグラムを箱ひげ図風に並べてプロットするパッケージggbrickを書いた
github.comggtetrisって名前にしようかと思ったんだけど、もうある（GitHub - EmilHvitfeldt/ggtetris: Create Tetris Chart Visualizations in...
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ggbrick: histogram like dot plot based on ggplot2
Hello everyone. I introduce an R package ggbrick. github.comMy English is poor. If you don't understand my writing, please use comment field (コメントを書く).ggbrick provides the function geom_brick which is...
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腸内細菌叢のデータで遊ぼう（Kostic et al, 2015）
Kostic et al, 2015 (https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(15)00021-9)...
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可視化で理解するKPIツリー：コンバージョンの寄与度分解
背景昔Web系コンサルをやっていたときKPIツリーとかを習ったんだけどぼくはこれが苦手だった。例えばあるサイトのコンバージョン（CV）はサイトへの訪問数（SS）×コンバージョンレート（CVR）だからコンバージョンというゴールを増やしたかったら、SSを増やすかCVRを増やすしかない。KPIツリーこうやって順々に要素を順々に分解していけばコンバージョンを増やす方策をロジカルに考えられますね、というわけ。...
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棒グラフをとにかくいっぱい並べて書きたい
set.seed(2) y <- lapply(1:7, rexp, n=26) names(y)<- sapply(1:7,function(x)paste0(sample(LETTERS,10),collapse ="")) tab <-list(y=y,x=LETTERS) class(tab)<-"minibarTable" plot.minibarTable...
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geom_pointrangeみたいなやつを並べて書きたい
set.seed(1) meanse <- lapply(1:7,function(i)cbind(mean=rnorm(10,0,2),se=rexp(10))) names <- sapply(1:10,function(i)paste0(sample(LETTERS,10),collapse ="")) tab...
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ggplot2 などのモダンなパッケージを使わずにトピックモデルのパラメータを可視化したい
腸内細菌のデータを使います。説明は気が向いたら書きます。library(curatedMetagenomicData) plot.minibarTable <-function(tab,layoutMat,leftmargin=15, col="black"){ oldpar <- graphics::par(no.readonly =TRUE) N <- length(tab)...
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Turnbull のアルゴリズム（R の survival パッケージ）を用いた新型コロナウイルスの潜伏期間の推定
COVID-19 の潜伏期間をrstanで推定する -...
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